Předtím, než Wachowští a Tykwer začali knihu adaptovat, nebáli se přiznat, že to možná bude zhola nemožné. Nakonec si ale pronajali vilu v Kostarice, kde román se šesti separátními dějovými liniemi (spojenými pouze tematicky) převedli na sadu barevných kartiček s jednotlivými scénami. Ty pak začali skládat na podlaze tak, aby jim daly dohromady smysluplný film.

Po mnoha potížích jim došlo, že je klíčem k spěchu obsadit různé postavy v různých časových liniích stejnými herci. A tenhle plán posléze představili Davidu Mitchellovi. Wachowští byli po zkušenosti s Vendetou (tj. s bouřlivým spisovatelem Alanem Moorem) připraveni celý projekt vzdát, pokud by jeho autor nebyl spokojený se scénářem. Mitchellova reakce: „Tohle by mohl být jeden z těch filmů, co překonají knihu!“ ale oživení Atlasu mraků naštěstí nikterak nezhatila.